Tình trạng khai thác nguồn nước ngầm quá mức của các tổ chức và cá nhân phục vụ sinh hoạt, sản xuất chưa được quản lý, kiểm soát chặt chẽ. Giếng khoan khai thác nước ngầm với lưu lượng lớn không được cấp phép, không theo quy hoạch xuất hiện ngày càng nhiều. ở một số địa phương như Nho Quan, Gia Viễn, Kim Sơn, Yên Khánh, các hộ dân tự ý khoan giếng khai thác nước ngầm; nhiều nơi khoan 3 đến 4 điểm mới có nước, các giếng khoan không có nước, không được xử lý lấp lại theo đúng kỹ thuật gây ra nguy cơ ô nhiễm nguồn nước ngầm. Ngoài ra, nhiều giếng khoan bị hư hỏng, xuống cấp không còn sử dụng chưa được lấp hoặc lấp không đúng kiểm tra đang gây suy thoái nguồn nước ngầm. 

Trước thực tế trên, để quản lý, bảo vệ và kiểm soát chặt chẽ, đảm bảo sự phát triển bền vững tài nguyên nước ngầm, các ngành chức năng của tỉnh cần triển khai thực hiện tốt dự án điều tra, quy hoạch vùng cấm, vùng hạn chế xây dựng mới các công trình khai thác nước dưới đất, phục vụ quản lý tài nguyên nước. Siết chặt quản lý cấp phép khai thác tài nguyên nước ngầm gắn với tăng cường công tác tuyên truyền trong cộng đồng dân cư về sử dụng tiết kiệm, hiệu quả và nâng cao ý thức bảo vệ, không gây ô nhiễm nguồn nước; thống kê chính xác số giếng khoan bị hư hỏng, không còn sử dụng để xử lý, khuyến cáo các hộ dân, nhất là vùng nông thôn không tự ý khoan giếng khai thác nước ngầm...